หลังมีการฝ่าฝืนข้อตกลงผู้อำนวยการสำนักข่าวกองกลาง อลัน ฮันลีย์ (อเล็ก บอลด์วิน) มีคำสั่งให้ปิดหน่วย IMF ลง แต่ อีธาน ฮันท์ (ทอม ครูซ) ยังคงทำหน้าที่ของตัวเองต่อไปด้วยการตามล่าองค์กรผู้ร้าย เดอะ ซินดิเคต แต่ก็ถูกจับตัวไปได้ ก่อนเจ้าหน้าที่สาวจากองค์กรศัตรู อิลซ่า ฟอสต์ (รีเบกก้า เฟอร์กูสัน) จะมาเป็นคนช่วยเขาออกมา เมื่อถูกต้อนจนไม่เหลือทางหนี อีธาน พยายามขอความช่วยเหลือจาก วิลเลียม แบรนด์ท (เจเรมี่ เร็นเนอร์) แต่ก็เปล่าประโยชน์ เพราะ วิลเลียม บอกว่า เขาไม่สามารถทำอะไรได้เลยหลังจากหน่วย IMF ถูกปิดตัว